注意！
誰かに話しかけて発動するような要素は1回の会話で発動しない場合があります。2〜3回連続で話しかけてみてください。
★ゼロ3・ゼロ4のボス出現
★お色直し（エールのみ）
★車を動かす
★トゲトゲの植物が邪魔
★K-4の迫る溶岩
★大アイテムの分裂
★クリアデータについて
★ハードモード
★モデルX常時使用可能
★プレリーの部屋にボスのぬいぐるみ出現
★モデルOX入手方法
★エリアC-2の噴水を止める
★エリアL-1の入り口の枠のデザイン
★オマージュ要素
★ヴァン編とエール編の違い
★ZX TUNES解説書でいくつか明かされている要素
ゼロ3・ゼロ4のボス出現
エリアN(エリアMの後)の最下部にある扉にはいると、さらに2つの扉があります。
ここにGBA版ロックマンゼロ3のカートリッジが差し込まれた状態で行くと左の扉に、
GBA版ロックマンゼロ4のカートリッジが差し込まれた状態で行くと右の扉にはいることができ、
その奥にある部屋にそれぞれの作品からボスが4体ずつ登場します。
※ゼロシリーズとの違い
ゼロ3ボス：未確認
ゼロ4ボス：全員、気候が「通常」に準拠。ただし、ソル・ティターニャンは太陽光線無し。
お色直し(エールのみ)
ガーディアンベース3F(プレリーの部屋がある階)の右端の部屋にいるシェーヌか、街にいるルカ(C-1の、のろけ男がいるあたりから路地に入った先。モデルHX、PXでしか入れない家)に話しかけると、エールの服装を変えることが出来ます。
最初のカラーに戻したい場合は「元の青い服でいい」を選択すれば戻ります。
なお、コーディネートされるファッションは数パターン存在する模様。
確認済みなのは以下の通り
・髪の色：初期(薄茶)、金、やや緑、赤
・服の色：初期(青)、ピンク、黄色、黒、薄青
基本的に両者がランダムな組み合わせで選ばれます。
言うまでもありませんが、各種モデルを装備すれば全く関係なくなります。
また、話しかけるときは人間状態で。
車を動かす
エリアC-1に、2台ほど燃料切れで動けない車があります。
この車に攻撃すると、車を大破させてしまうのですが、雷属性の攻撃(
のチャージショットなど)で少しだけ動かすことが出来ます。
トゲトゲの植物が邪魔
エリアAに、行く手を阻むトゲだらけの植物が生えています。
この植物に触れるとダメージを受けるので注意。
なお、炎属性の攻撃（
のチャージショットか、
の龍炎刃など）で焼くことが出来ます。
K-4の迫る溶岩
K-4には、K-3から入った場合、左から右へ溶岩が流れてきます。
ですが、K-4のトランスサーバーから来た場合は溶岩が流れていませんので、アンギーユのクエストを遂行するときはこっちでやった方が楽になります。
ただし溶岩が流れていない場合は、一部の穴が溶岩で満たされていますので注意。(サブタンクへの通路が通れません)
また、トランスサーバー側から来た場合でも、K-4内部でK-4前半→K-4後半の移動をすると溶岩が流れてきます。
大アイテムの分裂
大アイテムを斬撃系の武器で攻撃すると、小さいアイテムに分裂します。
★ライフ大→ライフ小＋Eクリスタル小
★武器エネルギー大→武器エネルギー小×2＋ライフ小＋Eクリスタル小
★Eクリスタル大→Eクリスタル小×2＋ライフ小＋武器エネルギー小
★ライフ特大→ライフ小×3＋Eクリスタル小×2＋武器エネルギー小
クリアデータについて
ゲームクリア後、セーブするかどうかを聞いてきます。
このときセーブされるデータはこのようになります。
・ラストミッションが選べる状態。
・モデルOX開発解禁。
・それ以外は、クリア時に読み込んでいたデータのまま。
（ロックマンゼロシリーズのように、「はじめから」のデータになったりはしません）
ハードモード
ノーマルなんかぬるいぜ！
そんな人のためにハードモードがあります。
出現条件は、ノーマルで一度クリアすることです。
モデルX常時使用可能
ヴァン/エールの両方でクリアすると、本来モデルZX入手で使えなくなるモデルXを常時使用可能にする事が出来ます。
ただしイージーは不可。
セーブデータが残っている必要はありません。
※条件を達成した上で、新規にゲームを始めると有効になります。
※サブ画面や、変身切り替え時の並びは[Hu][X][Zx][Hx][Fx][Lx][Px][Ox]の様になります。(HuとZxの間に来る。)
プレリーの部屋にボスのぬいぐるみ出現
プレリーの部屋には最初から1体のぬいぐるみがぶら下がっていますが、ボスをLv.4 FINISHするとそのボスの人形が新たにぶら下がります。
全部集めても別に何も起こりません。
モデルOX入手方法 ※イージーでは入手できません
エリアN-1にて、以下のどちらかの条件を満たす。
(1)上段の方から出現ブロック地帯を抜けた先にいるオメガを倒す。
(2)上記のゼロ3・ゼロ4ボス出現方法を用いて、復活ボス8体を全て倒す。
条件を満たしたら復活ボス部屋の奥にある部屋へ行くと「ふしぎないし」が手にはいるので、ベースのフルーブに渡す。
※「ふしぎないし」はいつでも入手できますが、モデルOXを作るにはクリア済みのデータでプレイしている必要があります。なお、イージーではそもそも「ふしぎないし」が入手不可。
エリアC-2の噴水を止める
C-2の右の方に噴水がありますが、これを止めることが出来ます。
噴水の右上の方に制御室があります。
噴水の水が出ている部分にモデルLXのチャージを当てると噴水が凍りますので、凍った噴水を利用して制御室へ。
（モデルHXがあれば別に凍らせる必要はないですが…）
後は制御室の制御盤を操作すれば噴水を止めて、池の底から先へ進むことが出来ます。
池の底にはデータディスクと、トランスサーバー(転送機能あり)があります。
エリアL-1の入り口の枠のデザイン
エリアH、巨大メットールが出てくるところからエリアLに入れるわけですが、この扉のデザインは実は変えられます。
変わる条件はニンテンドーDSの設定で、全体のカラー設定をどの色にしているかで変わります。
なお、デザインが決まるのは「最初から」でゲームを開始した瞬間です。一度始めているデータでは変わりません。
オマージュ要素
ロックマンの他シリーズを彷彿とさせる台詞やシステムなどを随所で見ることが出来ます。
また、ゼロシリーズとの関連性を濃厚にする場面も多くあります。
・言うまでもなく、モデルX→エックス、モデルZ→ゼロ、モデルH→ハルピュイア、モデルL→レヴィアタン、モデルF→ファーニブル、モデルP→ファントム、モデルO→オメガ、モデルV→バイル。
・C-1の好奇心旺盛なおじさんの台詞「はがねのぼうけんしんをもちつづけたい」→ロックマンDASH鋼の冒険心
・ハイウェイエリアで2度出てくるハエ型メカニロイド（ダメージで前進する。倒すと道ごと落ちる。1体目は倒すと直後にライフが置いてある。）→ロックマンX オープニングステージ
・プレリーの部屋の後ろの方にゼロ・シエル・アルエットらしき写真があります。→ロックマンゼロ
・C-1、サッカー大好きおじさんがいるエリアで、左の方にいる女の人に話しかけると「遥か昔、私のおじいさんのおじいさんのおじいさんはパン職人だったそうよ。なんでもパン作りのうまいおじいさんに学んだとか。」という話が聞けます。→ロックマンゼロ1〜3 レジスタンスのおじいさん
・C-1、アウターで写真を撮るのが趣味という青年に話を聞くと、遥か昔伝説のカメラマンがいたという。→ロックマンゼロ4 ネージュ？
・エール編でのセルパンの台詞「りそうだと！ざれごとだ！」→ロックマンゼロ4 バイル
・C-1、車を動かして入れる場所にパンテオンが置いてある。→ロックマンゼロシリーズ
・プレリーの部屋にあるぬいぐるみの数々が、サイバーエルフに似ている。→ロックマンゼロシリーズ
・ガーディアンベース1Fで手に入るアイテム「E缶」→ロックマンシリーズ
・プレリーの部屋で手に入るアイテム「W缶」→ロックマンシリーズ
・ガーディアンベースの居室に置かれているドリンクの入れ物に「W」と描かれている。→ロックマンワールド4・5「W缶」
・ボス戦時の「WARNING」の「W」のフォント→ロックマンシリーズ、Dr.Wマーク
・セルパン戦の合間に流れる音楽がロックマンゼロ4のボス戦直前の曲をアレンジしたもの。
・エリアC-1で走り回る子供の台詞「ここは昔がれきだらけで何もなかったんだって」→ロックマンゼロ4「エリア・ゼロ」
・オメガ戦の背景でうっすら写る忘却の研究室→ロックマンゼロ・ゼロ3「ゼロが眠っていた研究所」
ヴァン編とエール編の違い
＜最高にネタバレなので改行を多めに挟んでおきます。＞
ゲームの進行に変化はありませんが、若干内容が変わります。
(ヴァンはV、エールはAと略しています)
(1)オープニングのジルウェの台詞
V→「人前ではセルパン・カンパニーを悪く言うなよ」
A→「お前そこそこいけるんだからさ。お客さんの間でもお前、結構評判いいんだぞ。」
(2)10年前の記憶
V→セルパンカンパニーが早く助けに来てくれないから母さんは死んだ。
A→イレギュラーに襲われたところをジルウェに助けられた。
(3)ジルウェがモデルZを使うわけ
V→運んでいた荷物がたまたまモデルZで、たまたま適合者だった。
A→モデルXの適合者であるエールを守るため。(ジルウェはガーディアン所属)
(4)モデルZX入手後
V→「悲しんでなんかいられない」
A→自分の勝手な行動でジルウェを死なせてしまった事に後悔する。
(5)エリアFに残されているデータ
V→ある一人が暴走して全滅した
A→ガーディアンのメンバーであるセルパンが暴走した
(6)フィストレオ(1回目)との会話
V→人さらいをしている。理由は教えてくれない。
A→エールはイレギュラーたちに選ばれた存在である。
(7)エリアHでの心情の違い
V→母さんを失ったこの場で、また自分は何も出来ないんじゃないかという不安。また、このエリアのボスであるパープリルが10年前のイレギュラー襲撃の主犯であると告白。
A→ジルウェと出会ったこの場所を汚したくない。
(8)プロメテの発言
V→「モデルVの生け贄にふさわしいかどうか…」「あの女の作ったライブメタル」
A→「このゲームに参加する権利が…」「お前は俺たちの仲間だ」
(9)プロメテ戦終了後、プレリーから教えて貰えること
V→ガーディアンは初代司令官（プレリーが「おねえちゃん」と呼ぶ人物）に作られた。ある日、行方不明となってしまった初代司令官を引き継いで、自身が司令官となった。また、プレリーはそのイレギュラー戦争時代に作られたレプリロイドである。ただし初代司令官は人間。挿絵からするに恐らくシエル。
A→エールを守るように指示したのは初代司令官。イレギュラーに襲撃された人がライブメタルの適合者である。
(10)エリアJのデータディスク
V→モデルVを手にして暴走したのはセルパンである。
A→モデルVの力でセルパンは暴走したが、なぜセルパンだけが暴走したのか。セルパンはイレギュラー襲撃で唯一生存したという過去がある。
(11)ベースにいる医療班助手ローズの言動
V→最近大人っぽくなってきたヴァンは昔の恋人に似ていて好きになってしまいそう。
A→たくましくなったエールが男性だったら惚れていたかも知れない。
(12)エリアLの研究所で見つかるデータディスクの中身
V→数百年前の戦争で作られた「ラグナロク」と融合した支配者は英雄に敗れ、崩壊。破片は世界中に流れ星として降り注いだ。その破片こそがモデルVである。ライブメタルはモデルVに対抗するため、英雄たちの力を治めて初代司令官が作った。
A→モデルXなどは、モデルVを元にして作るほか無かった。そのため、モデルX適合者はモデルVの適合者でもあり、英雄にも支配者にもなれる可能性を持っている。
(13)ラストミッション直前のプレリーとの会話
V→プレリーのおかげで力を得ることが出来た。これで大切なものを守ることが出来る。
A→プレリーはジルウェに好意を抱いていた模様。（→ゼロに似ていたから？）
(14)セルパンの最後の言葉
V→進化を拒むことが果たして正義なのか。
A→お前にはモデルVを作った男の血が流れている。
(15)ジルウェの励まし
V→「俺はお前が憎い。依頼者にはタメ口を聞くし、言うこと聞かずに勝手に行動するし。それでもかわいい後輩。いい思い出さ。」
A→「知りもしない男の運命に従うのか？お前の力は未来を掴むためにあるんだ。」
ZX TUNES解説書でいくつか明かされている要素
・本作の舞台となっている国の名前は「サンク・ヴィル」。言葉の意味自体は「5番目」ということらしい。（ただし、5番目の国という意味ではない）
・モデルZXで生える金髪は一種の「パーツ」
・エリアM、Nはラグナロクの残骸。
・エンディングのある場面でXボタンを押すと・・・？（モデルX常時使用条件達成の必要あり）